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최고관리자 작성일26-10-06본문
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안녕하세요, 법률사무소 내일의 배지희 변호사, 정승원 변호사입니다.
회사 명의로 수입신고를 하고 수입세금계산서를 받았다고 해서, 납부한 부가가치세를 언제나 공제받는 것은 아닙니다. 그 물품을 자기 사업에 사용하기 위해 수입했는지, 수입에 따른 경제적 효과가 실제 누구에게 돌아가는지를 함께 따져야 합니다. 대법원 2026. 9. 23. 선고 2026두30644 판결은 외국 판매회사의 부품 수입을 지원한 국내 관계회사의 매입세액 공제를 인정하지 않았습니다.
부품을 들여오고 세금도 낸 국내 회사였습니다.
외국 판매회사는 반도체 제조장비를 국내 고객사에 판매했고, 국내 관계회사인 원고는 계약에 따라 판매지원과 장비 설치, 하자 보증 등의 서비스를 제공했습니다. 장비 공급 과정에서 부품이 누락되거나 잘못 장착되면 부품을 추가로 들여오거나 교체해야 했습니다. 이때 원고가 자기 명의로 수입신고를 했습니다.
부품은 별도의 대금 지급 없이 국내에 반입되었습니다. 국내 고객사가 이미 지급한 장비 구매대금에 해당 부품의 값이 포함되어 있었기 때문입니다. 원고는 수입부가가치세를 신고·납부하고 자신을 수입자로 한 수입세금계산서를 받아 매입세액을 공제했습니다.
세무서는 실제 부품 거래의 당사자가 원고가 아니라 외국 판매회사와 국내 고객사라는 이유로 공제를 부인했습니다. 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세를 가산세 포함 약 153억 7천만 원 경정·고지했고, 원고는 이 처분을 취소해 달라는 소송을 냈습니다.
수입 업무에 관여한 것과 자기 사업을 위한 수입은 다릅니다.
부가가치세법 제38조 제1항 제2호는 사업자가 자기 사업에 사용했거나 사용할 목적으로 수입한 재화의 수입부가가치세액을 공제 대상으로 정합니다. 제39조 제1항 제4호는 사업과 직접 관련 없는 일정한 지출의 매입세액을 공제에서 제외합니다. 업무 중 지출한 돈이라는 설명만으로 충분한 것은 아닙니다.
대법원은 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 살펴 사업 수행에 필요한 지출이었는지를 개별적으로 판단해야 한다고 보았습니다. 이 사건에서는 원고가 실제로 수입과 인도를 지원했다는 사실보다, 누구의 계약상 의무를 이행했고 누가 그 거래의 손익과 책임을 부담했는지가 중요했습니다.
원심이 주목한 사정은 구체적이었습니다. 부품은 원래 장비판매계약에 포함된 물건이어서 공급 의무는 외국 판매회사에 있었습니다. 부품 대금도 고객사가 판매회사에 직접 지급했으며, 원고는 관세 등 비용을 먼저 지출한 뒤 판매회사로부터 상환받았습니다. 계약상 운송, 관세·부가가치세 납부, 보험료와 선적에 관한 책임 역시 판매회사가 단독으로 부담했습니다.
판매 관련 의사결정도 판매회사가 했습니다. 원고는 중개자나 의사전달 창구로서 판매회사의 이행을 도왔을 뿐, 자기 계산과 책임으로 부품 수입 사업을 한 것으로 보기 어렵다는 판단이었습니다. 대법원은 이러한 원심 판단을 받아들였습니다.
세금을 먼저 냈다는 사정과 수수료 구조도 따져 보았습니다.
원고는 수입 과정에서 세금을 실제 납부했으므로 공제받아야 한다고 생각할 수 있습니다. 하지만 세액을 먼저 지급한 사실만으로 그 수입이 원고 자신의 사업에 귀속되는 것은 아닙니다. 비용을 누구에게 청구했고 최종적으로 누가 부담했는지도 함께 보아야 합니다.
원고가 판매회사로부터 받는 수수료는 부품의 수입·인도 지원이나 설치 용역의 유무와 무관하게 미리 정해져 있었고, 부품 수입 때문에 나중에 늘어나지도 않았습니다. 원심은 수수료가 부품 자체의 가치나 거래 위험과 분리되어 있어, 이 부품의 수입부가가치세액이 원고의 매출세액으로 전가된다고 보기 어렵다고 판단했습니다.
따라서 거래 단계마다 매입세액을 빼 주는 부가가치세의 기본 구조에 반한다는 주장도 받아들여지지 않았습니다. 다만 고정 수수료를 받으면 언제나 공제가 불가능하다는 뜻은 아닙니다. 공급 의무, 비용 부담, 의사결정과 손익 귀속을 함께 살핀 사건입니다.
세금계산서의 명의와 실질적인 수입자도 일치해야 합니다.
또 하나의 쟁점은 원고 명의의 수입세금계산서였습니다. 대법원은 부가가치세법 제35조 제1항의 수입자를 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 사람으로 해석했습니다. 수입신고 명의만 빌려주거나 행정 처리를 맡았다는 사정만으로 실질적인 수입자가 되는 것은 아닙니다.
이 사건에서 원고는 판매회사에 종속되어 그 의무를 이행하는 지위였으므로 실질적인 수입자로 인정되지 않았습니다. 원고를 수입자로 적은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 그 매입세액을 공제하지 않은 처분은 타당하다고 보았습니다. 대법원이 상고를 기각하면서 공제 부인을 유지한 원심판결이 확정되었습니다.
수입서류와 계약·정산 내역을 함께 보아야 합니다.
비슷한 거래를 검토할 때는 수입신고필증과 수입세금계산서만으로 판단하기 어렵습니다. 장비판매계약과 서비스 계약을 나란히 놓고 부품 공급 의무, 운송·보험·세금 부담, 분실이나 하자 위험을 누가 맡았는지 읽어 보아야 합니다. 계약서의 명칭보다 실제 이행 내용이 중요합니다.
비용 청구서와 상환 내역, 수수료 계산자료도 필요합니다. 일단 회사 계좌에서 나간 돈인지, 최종적으로 회사가 부담한 비용인지가 다를 수 있기 때문입니다. 거래 당시 주고받은 발주·선적 지시나 고객 대응 기록은 실제로 누가 의사결정을 했는지를 설명하는 데 도움이 됩니다.
이 판결이 모든 무상 반입이나 계열회사 간 거래의 공제를 금지한 것은 아닙니다. 자기 회사가 독립적으로 공급 책임과 거래 위험을 부담하는 구조라면 사실관계가 달라집니다. 그렇다고 책임 조항 하나만 바꾸면 공제가 보장되는 것도 아니며, 실제 거래와 다른 계약서나 정산자료를 새로 만들어서는 안 됩니다. 과세기간별 적용 법령과 다른 공제 요건도 함께 검토해야 합니다.
자주 묻는 질문
Q. 세관이 우리 회사 명의로 세금계산서를 발급했는데도 문제가 되나요?
A: 발급 사실만으로 매입세액 공제 요건까지 확정되는 것은 아닙니다. 이 사건처럼 명의상 수입자와 수입 효과가 실질적으로 귀속되는 주체가 다르면 공제가 부인될 수 있습니다.
Q. 무상으로 받은 부품이라서 공제가 안 된 것인가요?
A: 무상 반입이라는 이유만으로 결론이 난 것은 아닙니다. 이 사건 부품의 값은 이미 장비 대금에 포함되어 있었고, 그 공급 의무와 경제적 손익이 누구에게 귀속되는지가 핵심이었습니다.
Q. 그러면 외국 판매회사나 국내 고객사는 바로 공제받을 수 있나요?
A: 이 판결은 원고의 공제 가능성을 판단한 사건입니다. 다른 당사자의 공제·환급 여부나 세금계산서 정정 가능성을 자동으로 확정하지는 않습니다. 해당 당사자의 거래상 지위와 신고 내용, 필요한 절차를 별도로 검토해야 합니다.
공제 부인 통지를 받았다면
수입 명의와 실제 거래 구조가 달라 보인다면 계약서, 수입서류, 비용 정산자료, 세무서의 통지부터 함께 살펴보는 것이 좋습니다. 이미 처분을 받았다면 어떤 서류를 언제 받았는지도 알려 주세요. 자료가 모두 갖춰지지 않았더라도 현재 있는 자료에서 확인할 수 있는 부분부터 검토할 수 있습니다.
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